Jon Jones voit le jour le 19 juillet 1987 à Rochester, dans l'État de New York. Il grandit dans une famille sportive. Son père, Arthur, est pasteur, et ses frères aînés, Arthur et Chandler, deviendront joueurs professionnels de football américain en NFL. Dès son plus jeune âge, Jones montre un intérêt marqué pour les sports de combat, s'illustrant notamment en lutte au lycée d'Union-Endicott, où il remporte le championnat de l'État de New York en 2005. Cette passion pour la lutte le conduit à poursuivre dans cette discipline au niveau universitaire, où il s'illustre en NCAA juniors en parallèle de ses études en justice pénale.
Après une carrière prometteuse en lutte, Jon Jones décide de se tourner vers les arts martiaux mixtes en 2008. Se lançant directement au niveau professionnel, il accumule un palmarès de 6 victoires pour aucune défaite en l'espace de 3 mois. Grâce à ses performances, et notamment sa victoire contre Moyses Gabin par TKO qui lui permet de devenir champion des poids lourds-légers de l'USKBA, il attire l'attention de l'Ultimate Fighting Championship (UFC).
Jon Jones fait ses débuts à l'UFC le 9 août 2008, lors de l'UFC 87. Opposé à André Gusmão, il s'impose par décision unanime des juges. Son aventure est lancée et il enchaine ensuite par deux autres succès face à Stephan Bonnar et Jake O'Brien. Le 5 décembre 2009, il affronte Matt Hamill. Largement au dessus de son adversaire, Jones va pourtant être déclaré perdant suite à des coups de coudes illégaux envoyés dans le 1er round. Une défaite via disqualification qui ne va pas freiner sa progression au sein de la catégorie des lourds-légers.
Suite à une série de 3 succès avant la limite, il est propulsé vers la ceinture de la division. Son coéquipier Rashad Evans étant blessé alors qu'il devait affronter le champion Mauricio "Shogun" Rua, Jones le remplace au pied levé. Le 19 mars 2011, il domine le Brésilien et termine le combat par TKO dans le 3e round, devenant ainsi le plus jeune champion de l'histoire de l'UFC, à l'âge de 23 ans et 243 jours.
C'est entre 2011 et 2015 que Jon Jones va véritablement écrire sa légende. Champion incontesté de la catégorie des lourds-légers, il va défendre son titre avec succès à 8 reprises face aux plus grands noms de la division. Après une victoire contre Quinton "Rampage" Jackson, il affronte Lyoto Machida le 10 décembre 2011. Une légende du MMA qui va défaire en 2 rounds, s'imposant par soumission sur une guillotine placée debout rentrée dans la légende, où il lâchera au sol le corps inerte de son adversaire.
Enchainant ensuite des succès contre Rashad Evans, Vitor Belfort et Cheel Sonnen, il est opposé à Alexander Gustafsson le 21 septembre 2013 lors de l'UFC 165. Favori, Jones va pourtant être mis à mal par le Suédois. Mais au terme d'un duel acharné, il est déclaré vainqueur à la décision unanime des juges. Un combat salué de toutes parts, aujourd'hui rentré au Panthéon de l'UFC.
Après une nouvelle défense de titre réussie contre Glover Teixeira, il fait face à Daniel Cormier lors de l'UFC 182. Une bagarre entre les deux hommes ayant éclaté lors d'un évènement promotionnel, la tension est extrême en amont du combat. Jones s'imposera finalement à la décision unanime des juges, devenant également le premier combattant à réussir à emmener Cormier au sol.
Alors qu'il devait défendre sa ceinture contre Anthony Johnson en mai 2015, Jon Jones voit son titre lui être retiré. La raison ? Au mois d'avril de la même année, il se rend coupable d'un délit de fuite lors d'un accident de la route, où il a percuté la voiture d'une femme enceinte alors qu'il se trouvait sous l'emprise de produits stupéfiants. Manquant au règlement de bonne conduite des combattants de l'UFC, il perd ainsi sa ceinture.
Après 6 mois, sa suspension est levée et Jones fait son retour le 23 avril 2016 face à Ovince St-Preux dans un combat où la ceinture intérimaire de la vision des moins de 93 kilos est en jeu. Il s'impose par décision unanime des juges. Mais une nouvelle fois, la ceinture va lui être retirée. Cette fois-ci, Jones est testé positif au clomiphène et au letrozole, des substances interdites par l'agence anti-dopage. Il sera suspendu 1 an pour cela.
Jones fait son retour le 29 juillet 2017 face à Daniel Cormier, pour le titre incontesté des moins de 93 kilos. Vainqueur par KO, "Bones" retrouve sa ceinture, mais ne la conservera pas longtemps. Il est testé positif au turinabol, un stéroïde anabolisant. Le résultat du combat contre Cormier est changé en "no-contest" et Jones est suspendu 15 mois. Le président de l'UFC, Dana White, annonce également que le titre lui est retiré.
SUite à cette nouvelle période d'absence, Jon Jones fait son grand retour en décembre 2018 lors de l'UFC 232, où il affronte Alexander Gustafsson pour le titre vacant des moins de 93 kilos. Il remporte le combat par TKO au troisième round, récupérant ainsi sa ceinture. Il défend ensuite son titre avec succès contre Anthony Smith et Thiago Santos.
En 2020, il défend à nouveau son titre face à Dominick Reyes. Bousculé dans les premières reprises, Jones est tout de même déclaré vainqueur à la décision des juges. Quelques mois plus tard, en août 2020 et après un conflit financier avec l'UFC, il laisse son titre vacant, choisissant de faire sa transition vers la catégorie supérieure, les poids lourds.
Après une absence de trois ans où il a pris de la masse pour bien figurer chez les poids lourds, Jon Jones effectue son retour le 4 mars 2023. Il est opposé à Ciryl Gane pour le titre incontesté des poids lourds, laissé vacant par Francis Ngannou. "Bones" s'impose par soumission dans le 1er round et obtient ainsi la ceinture UFC dans une deuxième catégorie de poids.
Fort de sa nouvelle ceinture, Jon Jones doit la défendre en fin d'année 2023 face à Stipe Miocic. Mais une grave blessure au pectoral l'éloigne de l'octogone. Conservant son titre de champion, il est finalement opposé à Miocic le 16 novembre 2024 au Madison Square Garden lors de l'UFC 309. Un combat qu'il remporte par TKO au 3e round.